《孤岛危机2》在游戏内容上与一代也有很大变化，已经从秘密的丛林作战转向了公开、大规模的现城市战争。故事发生在距一代3年后的2023年。外星人在地球上的大片区域挑起了战争，各大城市都遭到攻击，人口锐减，玩家将要进行捍卫地球的末日战争。
《孤岛危机2》将不同于原作，原作中调查了神秘的陨石后，最后美军舰队全数击沉，主角Nomad携科学家海伦娜逃离之后，外星人入侵了世界的各个地点，并极大的改变了环境，幸存的人类不得不联手起来对抗入侵者。《孤岛危机2》的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激。
孤岛危机2的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激，画面更加清晰真实。
孤岛危机2的主角变为了阿卡特兹，一位海军陆战队员，在与CEPH的战斗中，他被前作中生化装特种部队的队长劳伦斯·巴恩斯少校救起，普费由于在孤岛危机1的剧情战斗中已经感染了不可治愈的孢子病毒，知道自己将不久于世，于是在自尽前留下了生化装给阿卡特兹，阿卡特兹穿上生化装，开始与CEPH和C.E.L.L作战
《孤岛危机2》的多人游戏总共包括6种游戏模式，4个默认职业和5个自定义职业，50个级别和12张不同的地图。同样还有12种不同的主要武器，4种次要武器，4种爆破物，22种纳米服模组，并且包括200个狗牌。一张地图可供最多16人同时对战。
生化装会不断地升级。一旦升至50级，可以“重启”生化装并回到1级获得更多的奖励和解锁装备和狗牌。总共允许重启生化装5次。根据你的游戏风格量身定做一套奖励。可以解锁升级模块，武器等等，不会奖励那些用不到的武器和装备。
